Паниковать не надо, у хостинга IHC хороший сервис, там есть логи. В первую очередь нужно посмотреть сам файл что в нем добавлено в конце. Во вторых доступ по фтп привзать к ip. Проверить права на фтп к папке. И можно еще подключить бесплатный сервис site-guard. Работает с опозданием, но показывает где и что (ни в коем случае не рекламирую) Прогнать сайт антивирусником например веб (точность показания 75%) или http://antivirus-alarm.ru/(точность 95%) - иногда ругается на нормальные скрипты- но это мелочи.