Да оно так и работает, и это логично т.к. линкменеджер всего лишь инструмент для создания алиасов к поисковым запросам, а не основной механизм для построения структурированного контента. Структура контента индивидуальна для сайтов, поэтому проблема решается на этапе программирования сайта.
используйте canonical - https://support.google.com/webmasters/answer/139066?hl=ru
Потому что поиск висит на главной. Если нужны динамические метаданные, то и логику нужно писать отдельно для страницы с поиском.