Если там заведомо будет набор цифр определенной длины, или максимум двух-трех вариантов длин, то можно делать регуляркой в шаблоне. Да в принципе в люом случае можно регуляркой, только нужно определиться для какой длины подобной строки какой шаблон будет.
Например
{if $user_data.phone.value != '' && $user_data.phone.value|strlen==11}
{$user_data.phone.value|regex_replace:'/(\d)(\d{3,3})(\d{3,3})(\d{2,2})(\d{2,2})$/':'${1} (${2}) ${3}-${4}-${5}'}
{else}
{$user_data.phone.value}
{/if}
что из любого 11-значного набора сделает нам форматный вывод ( 75297916129 => 7 (529) 791-61-29), а остальное выведет как есть