Попробуй понять, какие именно категории объектов не попадают в выгрузку. У меня такая фигня была с участками для ИЖС, пока не поправили код в модуле выгрузки, земля в СНТ и коммерческая выгружалась, дома с землей выгружалась, а вот конкретно для ИЖС - нет. Модуль yandexrealty и остальные обновлены? Может пройтись еще по настройками модуля yandexrealty - проверить настройки соответствия категорий на сайте категориям в выгрузку.
Отчет об ошибках выгрузки о чем-то сообщает? Ссылка твой-сайт/cache/yandexrealty.last.log.xml