Параметром depended вы ссылаетесь на родительский справочник, он должен быть единственным, перечисления не допускаются.
Параметром linked вы подключаете подчиненные справочники, их может быть несколько.
Например, при подчиненности справочников Страна - Регион - Район - Город - Улица вы организуете соответствующие связи:
для Страны (country_id) через linked=region_id,country_id привязываем Регионы
для Региона (region_id) через depended=country_id привязываем родителя - Страны и через linked=city_id,region_id;raion_id,region_id;direction_id,region_id привязываем подчиненные Города, Районы (областные, кастомный справочник) и Шоссе (кастомный)
для Районов (областных - raion_id) через depended=region_id привязываем родителя - Регионы и через linked=city_id,raion_id привязываем подчиненные Города
для Городов (city_id) через depended=raion_id привязываем родителя - Районы (областные) и через linked=district_id,city_id;street_id,city_id;metro_id,city_id привязываем подчиненные справочники Районов города, Улиц и Метро
и т.д., соответственно в кастомных справочниках (Районы, Шоссе и т.п) тоже не забываем прописать связь на родителя (depended).
в конечных справочниках linked соответственно не указывается, т.к. ничего в подчинении уже нет.