А что именно вы собрались удалять из индекса "с автопереводом"? Бесплатные мультиязычные плагины осуществляют автоперевод по приниципу что есть в окне браузера, то и переводим. Физически страница сайта остается в единственном варианте и на единственном языке, нет никаких дублей а соответственно нет их индексации. Автоперевод осуществляется в кэш или в темп-файл браузера после загрузки страницы в браузер в вариантах: либо по настройке языка браузера (автоматом, открыл турок - перевелось на турецкий и т.п.) или по команде пользователя - выбором нужного языка в меню сайта.
В платных версиях мультиязычных плагинов уже есть возможность вручную или автоматически создавать дополнительные страницы на нужных языках либо на основе поддомена - en.site.ru/..., либо на основе отдельной папки - site.ru/en/... (смотри настройки плагина). В частности Гугл предоставляет услугу транспорта доставки интеллектуальных переводов, т.е. к вашему сайту автоматически будут созданы вышеуказанные языковые варианты сайта и пользователю будут доставляться не технические и кривые, а качественные переводы исходных страниц сайта на нужном ему языке. Такие страницы сайтов хранятся в облаке, привязаны к вашему сайту и индексируются поисковиками как реальные страницы сайта на разных языках, что приветствуется Гуглей и Яшей.
Как работает бесплатный вариант плагина можно посмотреть например на сайте питомника Шпицов, внизу справа на сайте плавает значок с флажком и надписью Русский, кликните и выберите другой язык из списка и получите результат хоть на языке Бахаса Мелау (Малазия)