У справочников изначально существует подчиненность - Страна-Регион-Город-Улица. Вы можете в эту цепочку всключить Районы (города) и переподчинить Улицы от городов к Районам (указывается в Настройках). Если вы загрузили справочник городов без привязки их к регионам, то такие города будут общими для всех регионов. Редактируйте свои справочники.
Посоветую от дефолтной схемы перейти на "Связанные элементы", т.к. наверняка вам понадобится добавить Районы (областные) и населенные пункты подключить к этому справочнику а уже его к Регионам. Связанные элементы позволят вам подключать справочники в подчиненность по своему усмотрению, хоть Страны к Улицам, хоть Регионы к Шоссе и т.п.