антивирусная утилита Manul от Яндекс на сервере должна быть PHP версии 5.2 и выше бесплатный открытый инструмент, подробнее P.S. провёл тест, полёт отличный. Единственный момент, который заставил задуматься после анализатора лога, это kcfinder. В отчёт 4 красных флага на WScript.Shell, но diff файлов показал бинарное соответствие со скаченным дистрибом.